Le Département des Mystères est un lieu qu'aucun employé du Ministère ne connaît vraiment, à part ceux qui y travaillent, appelés « Langues de plomb ». Eux seuls savent ce qu'on y étudie. Les lieux existent sans doute depuis très longtemps mais n'ont apparemment pas été créés entièrement par des hommes. Il s'agit d'un département de recherche sur des notions abstraites et complexes, donc chacune est étudiée dans une salle qui lui est propre :

• Salle du Temps : comporte des retourneurs de temps, un grand tube où un poussin passe, en boucle, de l'œuf à l'oiseau, des horloges de toutes sortes...
• Salle du Savoir : on y trouve des cerveaux qui flottent dans une grande bassine remplie d'un liquide étrange.
• Salle de la Mort : grande salle en gradins comportant en bas et au centre une arche voilée dont s'échappent les murmures des morts.
• Salle du Futur ou Salle des Prophéties : meublée d'immenses étagères sur lesquelles sont entreposées des prophéties (« enfermées » dans des boules de verre). Les étagères sont disposées en au moins cent rangées très longues et très « profondes », dont le fond est tellement obscur que l'on y voit rien. Cette salle est la plus grande et elle effraie beaucoup les amis de Harry.
• Salle de l'Amour : selon Albus Dumbledore, « elle contient une force à la fois plus merveilleuse et plus terrible que la mort, que l'intelligence humaine, que les forces de la nature ».
• Salle des Planètes : d'après Luna Lovegood « c'est un drôle d'endroit et par moments, on a l'impression de flotter dans le noir ».